Egy személy vagy csoport több sora: klaszter és frailty

Röviden

Ha több sor tartozik ugyanahhoz a személyhez vagy csoporthoz (alomtestvérek, központok, ismétlődő események), azok nem függetlenek. A „Mennyi idő telik el egy eseményig?” kártyán az azonosítónak két útja van a „További beállítások” alatt. A klaszter (alapértelmezett) csak a standard hibákat változtatja (robusztus, szendvics-becslő); a hazárdarányok pontosan ugyanazok maradnak, és a csoportok átlagában érvényesek (marginális). A frailty (gamma, haladó) minden csoportnak saját hajlamot ad, és becsüli a varianciáját; a hazárdarány ugyanazon a csoporton belül érvényes (feltételes). A Statable sosem számolja mindkettőt egyszerre. Az azonosító számkódként kerül az R-be, nem szövegként.

Egy példa számokkal

rats: 300 patkány 100 alomban, 42 esemény, kezelés rx. Azonosító nélkül: b = 0,714, standard hiba 0,309, HR = 2,04, p = ,021. Klaszterrel: ugyanaz a b, robusztus standard hiba 0,271, z = 2,63, p = ,008. Frailty-vel (gamma, Efron): b = 0,727, HR = 2,07, a frailty varianciája 2,02, p = ,022. A 0 varianciára vonatkozó próba likelihood-arány: χ² = 10,23, felezett p = ,0007.

Korlátok és csapdák

• A feltételes és a marginális más szám. Mérve (100 csoport, egyenként 5, valódi b = 1, frailty-variancia 2, 150 futás): a Cox frailty nélkül vagy klaszterrel átlagosan 0,749 (± 0,013), a frailty 1,01 (± 0,015). Ez nem a klaszter gyengesége, hanem egy másik kérdés.
• Az R-kimenet „frailty” sorának p-értéke nem a 0 varianciára vonatkozó próba. A Statable a likelihood-arányt használja felezett p-értékkel, mert a variancia nem lehet 0 alatt (a paramétertér határa).
• A variancia 0-ra is csökkenhet (példa kidney: 5·10⁻⁹). Ekkor a prediktorokon túl nincs különbség a csoportok között, és az együtthatók olyanok, mint frailty nélkül. A Statable ezt kimondja.
• Legalább két csoport legalább két-két sorral; különben a számítás le van tiltva. 20 csoport alatt a Statable figyelmeztet (forrás nélküli ökölszabály): a standard hibák és a variancia ilyenkor bizonytalanok. Az egyetlen sorból álló csoportok semmit sem tesznek hozzá.
• A frailty gamma-eloszlásúnak feltételezett. A normális eloszlású frailty (coxme) más számokat ad: a rats adatra b = 0,730 és variancia 1,32. A Statable ezt nem kínálja.
• Azonos időpontok (ties): Efron (alapértelmezett) vagy Breslow, a számok kissé eltérnek (rats: b = 0,727 szemben 0,721-gyel; variancia 2,02 szemben 1,98-cal). Azonosítóval nincsenek időtől függő kovariánsok.

Az eredmény közlése

Cox-regresszió klaszterrel (100 csoport): HR = 2,04, 95%-os KI [1,20; 3,47], p = ,008 (kezelés); 300 sor, 42 esemény

Szakembereknek

library(survival)
m1 <- coxph(Surv(time, status) ~ rx + cluster(litter), data = rats)
m2 <- coxph(Surv(time, status) ~ rx + frailty(litter, distribution = "gamma"), data = rats)
m2$history[[1]]$theta   # Varianz der Frailty